El Observatorio tiene un carácter binacional por lo tanto los aliados estratégicos sonorganismos e instituciones de carácter gubernamental, no gubernamental y de lasociedad civil que nos permitan generar desarrollo de los territorios e informacióntransfronteriza en Ecuador (Esmeraldas, Carchi, Imbabura y Sucumbíos) y Colombia(Nariño y Putumayo).

Los organismos que trabajan en zona de frontera o cualquier entidad que tenga interésde trabajar en esta zona pueden ser aliados estratégicos.Actualmente la Unión Europea a través de la Asociación de Regiones FronterizasEuropeas ARFE apoyó el inicio del proceso de formación y capacitación de alto nivelen temas transfronterizos, con cobertura en 19 fronteras que respaldan su experiencia.Además, la Sociedad Alemana para la Cooperación Internacional GIZ quienes hanapoyado en el desarrollo del Modelo de Gestión y página Web, así como el proyectode intercambio con observatorios transfronterizos de Latinoamérica.