El Observatorio tiene un carácter binacional por lo tanto los aliados estratégicos son organismos e instituciones de carácter gubernamental, no gubernamental y de la sociedad civil que nos permitan generar desarrollo de los territorios e información transfronteriza en Ecuador (Esmeraldas, Carchi, Imbabura y Sucumbíos) y Colombia(Nariño y Putumayo).

Los organismos que trabajan en zona de frontera o cualquier entidad que tenga interés de trabajar en esta zona pueden ser aliados estratégicos. Actualmente la Unión Europea a través de la Asociación de Regiones Fronterizas Europeas ARFE apoyó el inicio del proceso de formación y capacitación de alto nivelen temas transfronterizos, con cobertura en 19 fronteras que respaldan su experiencia. Además, la Sociedad Alemana para la Cooperación Internacional GIZ quienes han apoyado en el desarrollo del Modelo de Gestión y página Web, así como el proyecto de intercambio con observatorios transfronterizos de Latinoamérica.